System Krajowej Giełdy Wierzytelności jest zabezpieczony przez szereg procedur uniemożliwiających niepowołane użycie tak z zewnątrz jak i z wewnątrz. Każdy z użytkowników posiada unikalną nazwę, przez co możliwe jest nadanie mu minimalnych, wymaganych do jego pracy praw dostępu do danych oraz aplikacji. Oznacza to, że użytkownik otrzyma jedynie takie prawa, które potrzebuje do realizacji swoich zadań, bez możliwości wglądu do danych dostępnych innym użytkownikom.

Programy wykorzystywane do przetwarzania danych, wykonane są w technologii klient-serwer. Powoduje to, że wszystkie dane składowane są centralnie na serwerach, a użytkownicy otrzymują na ekranach tylko taki ich fragment, który jest w danej chwili wymagany.

Dodatkowym elementem zwiększającym bezpieczeństwo danych klientów są mechanizmy ochrony plików przed niepowołanym dostępem oraz wypływem poza obręb firmy.

Składają się na nie:

• ograniczenie praw dostępu;
• kodowanie najważniejszych plików;
• transmisja plików na zewnątrz firmy odbywa się w kodowanym kanale komunikacyjnym;
• wszystkie listy elektroniczne są skanowane pod kątem zawartości.